Alkalmazását tekintve a mágneses golyók a gyermekek értelmi fejlesztésére használhatók, segítve a geometriai formák és térszerkezetek megértését; felnőttek is használhatják a stressz enyhítésére, lehetővé téve számukra, hogy a mágnesgolyókkal játszva ellazuljanak; emellett a mágneses golyókat tudományos kísérletekben használják a mágneses mezők és erők alapelvei bemutatására.
Mágneses golyók használatakor ügyeljen a következő pontokra: Először is, mivel a mágnesgolyóknak erős mágnesességük van, ne helyezze őket elektronikus eszközök közelébe, hogy elkerülje a normál működésük zavarását; másodszor, a mágnesgolyók nem alkalmasak kisgyermekek számára, mivel a véletlen lenyelés súlyos egészségügyi problémákat okozhat; végül kerülje a mágneses golyók hosszú ideig tartó magas hőmérsékletnek való kitételét, mivel ez befolyásolhatja mágnesességüket.